Por el año 1620 realizó importantes obras en muros y bóvedas el maestro Juan de Naveda.
Algunos años más tarde se añadieron en distinta fecha los dos pequeños brazos que conforman la planta de su cruz, haciendo dos pequeñas capillas adyacentes.
La ala de la izquierda fue construida en 1668 y era totalmente oscura. Su bóveda es análoga a la de la derecha y preside una imagen del Sagrado Corazón de Jesús.
En la cabecera reflejando su mayor antiguedad tiene a ambos lados del altar dos arcos apuntados. El de la derecha se abre sobre el sepulcro del arzobispo don Anatasio Rodrigo Yusta fechado su órbito en 1882.
En la continuación de ese mismo lado derecho se contempla como reminiscencia de la antigua capilla de Santa cruz una Virgen erguida con el Niño en brazos , policromada cuyos rasgos se encajan en la escultura de finales del siglo XIII, esculpida en piedra con el sello de tiempos remotos daba nombre a la capilla:
Virgen de la buena mañana
y que ahora se conoce más popularmente como
Capilla del Santísimo Cristo.
El retablo central es de finales del siglo XVII es de mayor importancia que los descritos, también dorado y de trazado gótico, con un gran conopial centrado entre dos flancos muy anchos decorados con pilastras que se prolongan a lo alto.
Bajo en conopial se alberga otro arco carpanel con sencillos caireles de trilóbulos floridos entrelazados.
En el centro destaca con toda fuerza emotiva sobre un fondo rojo de tela la imagen de Jesús crucificado, cuyo torso y brazos están recubiertos de piel bobina y un total curtido amoldado a la figura que proporciona un realismo impresionante.
El Santísimo Cristo de Burgos ocupa la cabecera de la capilla. Dice la tradición que esta imagen fue encontrada flotando en oleaje encrespado, por los tripulantes de un barco sin esperanzas de salvación, contenida en dos cajas de madera y cristal. El barco no naufragó, llegando felizmente a puerto.
Se desconoce la fecha, pero desde entonces se creyó milagroso el desenlace, acrecentando su fervor. Un comerciante burgalés le trajo al Monasterio de San Agustín de su ciudad natal. Aumentó la fama milagrosa, y su devoción se extendió en confines lejanos, traspasando fronteras. En 1835 fue trasladado desde el Monasterio de San Agustín a este sitio que ocupa hoy en la Catedral.
Entrando en la Catedral de Burgos por la puerta principal situamos esta capilla a la derecha. Inicia la nave lateral de ese lado en cuyo paramento entre el segundo y tercer pilar encontramos su puerta de acceso bajo un simple arco escarzano pequeño sin molduración alguna y protegida por una puerta con robustas rejas de metal.
El interior enmarca la entrada con una rica portada de cuatro archivoltas con arcos apuntados; la del final posee relieves de tupida hojarasca sobre ménsulas con diferentes cabezas. Hacia el fondo nacen tres columnas a cada lado con un sencillo capitel, de las que surgen las archivoltas que son simples molduras de cordón.
En todo el corredor de la capilla y en ambos lados encontramos varios sepulcros que relacionamos en un apartado específico y en donde aparecen también fotografias ampliadas.