El  primer espacio con acceso a la derecha de la entrada principal o puerta de Santa Maria, es la capilla del Santísimo Cristo, dedicada exclusivamente al culto y a la oración. Los turistas pueden verla desde el trascoro. Es una crujia del primitivo claustro, que ha pasado por numerosas reformas: en los siglos XVI y XVii se la dió forma de cruz en su cabecera; a finales del XIX el arquitecto Lampérez dirigió su disposición actual; la última restauración data de 1996 en que se recuperó casi por completo. Consta que en año 1285 se titulaba de la Santa Cruz. En el siglo XVII se la denomina de Nuestra Señora de los Remedios, advocación correspondiente a la hermosa talla pétrea en origen sin policromar, del siglo XIII, colocada en el interior sobre el dintel de la puerta. Desde 1835 se desconocía como capilla del Santísimo Cristo de Burgos por la importancia de la imagen del Crucificado que la preside. Se trata de una imagen del siglo XIV, de origen flamenco, que durante los siglos fue venerada en el convento de San Agustín de Burgos, hasta que los frailes sufrieron forzosa exclaustración. Fue meta de peregrinaciones y rogativas. La devoción a esta imagen se difundió, sobre todo desde finales del siglo XVI, especialmente en andalucia y en hispanoamérica, donde es conocida como El Señor de Burgos. Es de madera articulada recubierta de piel ternera, flexible al tacto y viva representación del Cristo llagado y muerto en la cruz. Se le atribuyen numerosos milagros, varios de los cuales están bien documentados. El retablo en que se enmarca es neogótico, realizado en 1894 por Saturnino Delgado y enriquecido con numerosas reliquias de santos. Al lado derecho de la embocaduraa del presbiterio está, de pie, sobre peana, una imagen coronada de la Virgen con el niño policromada, del siglo XIV. En los paramentos de la capilla hay laudas sepulcrales de la edad media y numerosos sepulcros de arzobispos del siglo XIX, aunque el primero de la izquierda, próximo a la puerta, contiene el cuerpo incorrupto del canónigo Pedro Barrantes Aldana ( 1658), apostol de la caridad, cuyo monumento funerario realizó el escultor José Alcoberro en 1895.